Может такое быть, что оплаченный штраф еще числиться как неоплаченный?

На самом деле может быть такое. Причем причин даже несколько для такой ситуации естб. Сам сталкивался с подобным. Вы вот в этой https://rosfines.ru/good_to_know/esli-oplachennyj-shtraf-chislitsya-neoplachennym статье можете все подробно почитать и причины, и как убрать из базы ГИБДД.