Почему кошки закапывают свои испражнения?

Это связано с их природой и инстинктами. В испражнениях каждой кошки есть свой уникальный запах, по которому можно определить хозяина. Именно по этой причине братья наши меньшие так себя ведут. Закапывая фекалии они пытаются спрятать свои следы. А метять они свою территорию в том случае, когда считают себя полноправным хозяином, показывая, что они главные. 

Это инстинкт, чтобы "враг" не нашел по запаху. Но современные кошки не все делают это.

Кошки чистоплотные животные и так природа распорядилась, все за собой закапывать.

Очень хорошая привычка, согласитесь!

Кошки все определяют по запаху. Поэтому свой этот запах они должны скрыть, чтоб соседский кот не определил местоположение котейки.