Чем лучше пользоваться: зелёнкой или йодом?

Особой разницы нет - и тот и другой раствор на основе спирта и обладает бактерицидными свойствами.

Совершенно недавно я задала этот же вопрос фармацевту в аптеке.

И он ответил, что особой разницы нет. 

Разве что, зеленку сложнее отмыть с кожи о одежды потом и она сильнее бросается в глаза =)